Dukovany, někde zmiňovány i jako Tokovany, patří k těm obcím, kde bylo působení templářů listinně potvrzeno. V listině z 31. 8. 1279 potvrzuje olomoucký biskup Bruno ze Schauenburka, že řádu templářů v Jamolicích náleží vesnice Horní Dubňany a podací tamního kostela s filiálními kostely v Dukovanech a Bohuslavicích. Další zmínka se nachází v listině z 26. 8. 1281, kdy warmijský biskup Jindřich vysvědčuje, že na žádost plebána z Horních Dubňan vysvětil kostely v Dukovanech a Bohuslavicích jako filiálky kostela v Horních Dubňanech.

K nejstarším stavbám v obci patří kostel sv. Václava, původně raně gotický, který podle všeho vystavěli templáři. Na dávnou templářskou minulost odkazuje i současný erb města.

Od roku 1295 se dozvídáme o zemanském rodu psaném „z Dukovan“, založený Alšíkem z Dukovan. V roce 1325 odkoupil osadu Jindřich z Lipé od Jana Lucemburského. Dukovany se pak staly součástí nedalekého rabštejnského panství a moravskokrumlovského panství pánů z Lipé. Koncem 16. století se Dukovany staly samostatným statkem.