Byl to zkušený voják, který byl aktivním členem řádu třicet let. Velmistrem byl zvolený na mořském hradě v Sidonu v roce 1291, na místo Guillauma de Beaujeu, který byl zabit v Akkonu.Templáři pod vedením Thibauda Gaudina kvůli dobytí Akkonu (1291) přesídlili svůj hlavní stan na Kypr, od té doby byl Kypr nejpředsunutější templářskou základnou.

Ostrov jako své hlavní velitelství zvolili i johanité a němečtí rytíři. Kyperský král snažící se upevnit svou moc zavedl daň za každého řádového rytíře. Tu však papež zakázal. V roce 1292 se církevní koncil vyslovil pro sloučení řádů templářů a johanitů a pro zrušení osvobození od placení papežských dávek.

Thibaud Gaudin pád Akkonu dlouho nepřežil. Po jeho smrti (většinou se udává duben 1292) ho vystřídal Jakub de Molay. V této době bylo Molayovi asi pětačtyřicet let a měl za sebou dlouhou templářskou službu na Východě.